ImageJで葉の病害面積と病巣数を計測する方法

ImageJで葉の病害面積と病巣数を計測する方法

目次：

1. はじめに
2. ImageJソフトウェアのダウンロード
3. 写真のスケール設定
4. スキャン画像のスケール設定
5. 写真から病害の割合を計算する方法
6. スキャン画像から病害の割合を計算する方法
7. 葉の上の病巣の数を数える方法
8. 野外写真から病巣の数を数える方法
9. 結論
10. 参考資料

📷 1. はじめに このビデオチュートリアルでは、ImageJソフトウェアのダウンロード方法と、写真やスキャン画像でのスケール設定、サンプリング葉の病害割合の計算、同じ葉の病巣の数の数え方について紹介します。

📷 2. ImageJソフトウェアのダウンロード まずはじめに、ImageJソフトウェアをダウンロードする必要があります。ImageJの公式サイト（imagej.nih.gov/ij）にアクセスし、適切なオペレーティングシステム（Mac OS X、Windows、またはLinux）に応じてダウンロードします。また、FijiというImageJのプラグインが事前にダウンロードされているバッテリー付きバージョンもあります。

📷 3. 写真のスケール設定 写真のスケールを設定するには、まずファイルを開きます。ファイルメニューから「開く」を選択し、画像を選びます。または、画像をImageJのグラフィカルユーザーインターフェースにドラッグ＆ドロップすることもできます。スケール設定のための基準となる寸法の直線を描き、それを5インチに設定します。設定が完了したら、画像を保存します。

📷 4. スキャン画像のスケール設定 スキャン画像のスケール設定では、画像のピクセルサイズ、解像度、物理的なサイズを取得します。Macの場合は、プレビューを開き、「サイズを調整」を選択することで、これらの情報を取得できます。次に、ImageJに画像をインポートし、「スケール設定」を行います。ピクセルの寸法を入力し、単位を設定したら、画像を保存します。

📷 5. 写真から病害の割合を計算する方法 写真から病害の割合を計算するためには、まず画像を色のしきい値で調整し、病害部分を選択します。次に、画像をバイナリの白黒画像に変換し、必要に応じてノイズを除去します。その後、面積を測定し、病害部分の面積を記録します。最後に、病害部分の面積を全体の面積で割り、結果を100倍して病害の割合を計算します。

📷 6. スキャン画像から病害の割合を計算する方法 スキャン画像から病害の割合を計算する方法も似ています。画像を色のしきい値で調整し、バイナリの画像に変換します。病害部分の面積を測定し、全体の面積と比較します。これにより、病害の割合を計算できます。

📷 7. 葉の上の病巣の数を数える方法 葉の上の病巣の数を数えるには、画像を選択し、パーティクルの分析を行います。パーティクルの大きさや円形度を設定し、結果を表示します。これにより、葉の上の病巣の数を数えることができます。

📷 8. 野外写真から病巣の数を数える方法 野外写真から病巣の数を数える方法も似ています。画像を選択し、同様の手順でパーティクルの分析を行います。環境条件によっては、写真から病巣の数を正確に数えることが難しい場合もあります。

📷 9. 結論 このビデオチュートリアルでは、ImageJソフトウェアを使用して、写真やスキャン画像から病害の割合や病巣の数を計算する方法を紹介しました。これにより、植物の健康状態や害虫の発生状況を評価することができます。

📷 10. 参考資料

• ImageJ公式サイト: imagej.nih.gov/ij
• Fiji: imagej.net/Fiji

ハイライト：

• ImageJを使用して、写真やスキャン画像から病害の割合や病巣の数を計算する方法を学びました。
• スケール設定やパーティクルの分析など、さまざまな手法を使用して、正確な結果を得ることができます。
• 外部の参考資料やツールも活用することで、より効率的に作業を行うことができます。

よくある質問と回答： Q: ImageJは無料のソフトウェアですか？ A: はい、ImageJは無料で使用できるオープンソースのソフトウェアです。

Q: パーティクルの分析にはどのような設定が必要ですか？ A: パーティクルの分析では、パーティクルの大きさや円形度を設定する必要があります。これにより、正確な数値を得ることができます。

Q: スキャン画像のスケール設定にはどのような基準が必要ですか？ A: スキャン画像のスケール設定には、画像のピクセルサイズ、解像度、物理的なサイズが必要です。これにより、正確な面積の計算が可能になります。

Q: 野外写真の病巣数の計算にはどのような工夫が必要ですか？ A: 野外写真から病巣数を正確に計算するためには、環境条件や撮影角度に注意する必要があります。また、ノイズや背景の影響を最小限に抑えるために、画像処理の手法を適用することも重要です。

Q: ImageJ以外のソフトウェアでも同様の分析が可能ですか？ A: はい、ImageJ以外にもさまざまな画像処理ソフトウェアがありますが、このチュートリアルでは主にImageJに焦点を当てています。他のソフトウェアでも同様の手法を使用することができますが、操作方法や機能には違いがあるかもしれません。

Q: この方法は他の植物でも使用できますか？ A: はい、この方法は他の植物でも使用することができます。ただし、各植物の特性や撮影条件によって、結果が異なる場合もありますので、注意が必要です。